熒光分析應用的范圍很廣，生物學和醫學的各個學科，包括生理、生化、 生物物理、藥理、免疫、細胞、遺傳等，都可以使用這一技術。從研究的材料來 看、氨基酸、蛋白質核酸、維生素酶、藥物、毒物等都可以采用。下面就內源熒 光和外源熒光在生物學、醫學中應用的可能性，舉一些例子。
　　一、內源熒光的探測和應用

　　生物學中比較重要的天然熒光分子多屬具有共輪雙鍵的系統。如芳香氨基酸、核黃 素、維生素A、卟啉、葉綠素、NADH和tRNA中的Y堿基（二氫尿嘧啶）等。對于  含有這些天然熒光物質的樣品，可以直接通達量測其熒光來確定其存在，分布及數量。
　　1、蛋白質的內源熒光
　　蛋白質的熒光來自色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸。它們的相對熒光強度為 100:9:0.5。檢測蛋白質的天然熒光，可采用280nm的激發波長，發射波長范圍 在340-350（蛋白溶液為中性時）。如果蛋白中不含色氨酸，只含苯丙氨酸和酪 氨酸，則熒光光譜主要表現酪氨酸的特征，發射波長約為304nm。對于含有 色氨酸的蛋白，熒光光譜則主要表現色氨酸的特征，熒光發射在320-350nm 之間。
　　2、維生素的內源熒光分析
　　維生素具有強的紫外線熒光效應，所以用熒光分析法檢測維生素，很早以前就開始了。可以用熒光分析測定的維生素有：維生素A，維生素B族，維生素C，維生素D，維生素E和維生素K等，這些維生素指的是物質內和人體內的含量測量。 例如維生素A用345毫微米波長的紫外線激發，在490毫微米處測溶液的熒光強度，然后由標準工作曲線求出維生素A的含量。
　　二、外源熒光的應用
　　熒光探針，即外源熒光技術。目前，熒光探針的種類已經有上千種，人們可以根據所 研究問題的不同，選擇不同的熒光探針。
　　1、蛋白質的熒光標記：
　　2、核酸的熒光標記：
　　3、 生物膜的熒光標記
　　4、金屬代謝的熒光監測
　　5、熒光探劑作為pH指示劑