顯微鏡的基本構造由兩部分組成:機械部分和光學部分。
機械部分的功能是將光學具組各部件固定在保證成像光路的最精確位置上，并且可以調節聚焦提供物像的最清晰度.光學顯微鏡的機械部件的基本構型已在19世紀80年代完成定型。目前出售的小型生物研究顯微鏡幾乎保持著19世紀80年代蔡司顯微鏡的原型。

  這類顯微鏡由鏡筒、物鏡轉換器、鏡臂、鏡腳、載物臺、粗動調焦螺旋、微動調焦螺旋、聚光鏡支架、聚光鏡調節螺旋、孔徑光欄等所組成。其鏡簡、目鏡、物鏡轉換器載物臺、聚光鏡系統全部懸掛在鏡壁上。因此，調焦螺旋、聚光器調節螺旋等所有光路調節系統只與鏡臂相關聯.鏡腳只有一項單一功能即用以使顯微鏡穩定地站立在實驗臺上.鏡臂與鏡腳之間連以傾斜關節，以此迎合光源射來的方向.

這類顯微鏡的調焦方式是靠調焦螺旋提升或下降鏡筒以改變物鏡與固定不動的載物臺之間的距離來實現。

現代數碼顯微鏡的機械部件和機械布局有了很大變化.各個生產顯微鏡的大廠家正在使自己的各種類型的光學顯微鏡系列化，正在生產適用于各種顯微鏡的標準化主機。這種主機上可以根據用戶的使用現代光學顯微鏡的機械部件和機械布局有了很大變化。各個生產顯微鏡的大廠家正在使自己的各種類型的光學顯微鏡系列化，正在生產適用于各種顯微鏡的標準化主機。這類主機與傳統顯微鏡迥然不同。首先其鏡腳已改為巨型鏡座。鏡座由單一支架功能演變為多功能的機臺。光源系統、濾光系統、調焦系統以及聚光系統，甚至一些光路轉換裝置，光欄系統均被安裝在鏡座上。鏡臂與鏡座之間已變為一體化機件，調焦動作已不能靠鏡臂的升降來實現，而是靠載物臺的升降。這種鏡體的功能也愈來愈復雜.功能也愈來愈多。鏡體上安裝復雜的鏡筒頭、各類照像機、攝像機、電視發生器、光電倍增器以及落射光系統的聯接口。這類顯徽鏡的調焦螺旋和載物臺移動螺旋分別實現了同軸化。所有這些變化順應著光學顯微鏡發展的一種總的趨勢即積木化和集成化的趨勢。